眼看着皇帝不为所动，于是魏忠贤向皇帝上了一道《久抱建祠之愧疏》，向皇帝请求停止为他建造生祠。崇祯的批复不温不火：“以后各处生祠，其欲举未行者，概行停止。 ”这种顺水推舟之举，抑止了朝野上下对魏忠贤的崇拜，又不致引起魏忠贤的恼怒。

另一方面崇祯还不断嘉奖魏忠贤、王休乾、崔启秀等人。自然这是在等候时机，暗暗设法削弱魏忠贤的影响力。

与此同时朝廷中的大臣们，都在寻思保全自己的良策，有投机的，有不动声色的，有冒死直谏的。不过出人意料的是最后倒魏，竟然首先是由魏忠贤的党羽发动的。十月十三日，御史杨维垣上疏弹劾崔呈秀，却美化“厂臣”魏忠贤——“呈秀毫无益于厂臣，而且若厂臣所累。盖厂臣公而呈秀私，厂臣不爱钱而呈秀贪，厂臣尚知为国为民，而呈秀惟知恃权纳贿。” 崔呈秀在魏忠贤将门下号称“五虎”之一，是魏忠贤的得力干将。而且，由于是魏忠贤的亲信，崔呈秀的儿子崔铎虽然目不识丁，居然中了进士。

除去崔呈秀，等于断了魏忠贤一臂。朱由检当然不愿意错过送过来的刀子，于是下诏免除崔呈秀兵部尚书一职，令他回乡守制。这掀开了倒魏的大幕。

闻风而动的官员们弹劾魏忠贤的奏疏接二连三地出现。崇祯帝一直不动声色，任由臣工们攻击魏忠贤的浪潮一波胜过一波，中间还得面对魏忠贤的哭诉。

不过很快新皇帝就下定了决心，十月二十六日，海盐县贡生钱嘉征上疏疏，列举魏忠贤的十大罪状：一、并帝；二、蔑后；三、弄兵；四、无二祖列宗；五、克削藩封；六、无圣；七、滥爵；八、掩边政、；九、伤民财；十、亵名*器。

于是，朱由检决定立即开始行动，他先召魏忠贤，命令太监当着魏忠贤的面宣读钱嘉征的奏疏。魏忠贤跟着天启皇帝干了不少坏事，如今换了新皇帝自己位高权重遭人弹劾是早就有心里准备的。

看着小皇帝嘴角若有若无的笑容，魏忠贤知道这次事情不妙，于是立即去找他的赌友——原信王府太监徐应元，讨教对策。

徐应元劝魏忠贤辞去爵位，也许可以保富贵。魏忠贤思来想去觉得也只有以退为进这一招了，或许这样还能赢得新皇帝的信任，只要信任还在就能东山再起，于是次日，魏忠贤请求引疾辞爵，朱由检早就等着这一天了，毫不犹豫大笔一挥，准了！

魏忠贤哭天抢地跪谢皇恩然后苦逼兮兮地回去准备离宫了，但朱由检并没有因为魏忠贤的这番举动而减少对于魏忠贤的猜忌，相反他总觉得这样处理魏忠贤自己很不爽，又听闻是自己信王府里的老人给魏忠贤出的主意，心中就更加不快，于是将徐应元召来斥责一番并再次将魏忠贤贬往中都凤阳祖陵司香。致此魏忠贤算是彻底倒台，因为守皇陵怕到死也不能离开半步。