郑岳擢大理寺卿，成为掌握全国刑狱的最高长官，挚友林俊，也已古稀之年奉召出任刑部尚书，掌管全国司法和刑狱，辅佐新政，郑岳与林俊协衷守法，一无所假。甘肃总兵李隆以权谋私，因巡抚许铭处事持正，使他不能获利而怀恨，于是唆使部卒火烧公署，打死许铭并焚尸，又迫使监守太监董文忠诬告许铭。郑岳奉命前往甘肃，会同镇抚审讯，查明案情，复奏朝廷，请以主谋杀人罪处李隆斩首，同案犯也以不同情节处死或流放，董文忠临事不能正确处理，反助恶诬告，宜予免职，严正处置了这一恶性案件。

郑岳还朝后，世宗因天下经常闹天灾而问大家：为什么灾祸这么多呢？郑岳上疏奏陈刑罚失平诸案，并提出纠正措施，指出：王钦贪赃至百万，罪当诛死，今虽发遣，应抄家没收所侵吞牧马草场经费百万，赃款应归官府所有；两广总兵朱麟，纵仆为患，经常有人状告他的罪行，应革职回家；内官石昌明，因追私债，殴杀平民，法当死刑。因其妄诉冤枉，断发充军；给事中刘取、御史黄国用等四人，所犯罪轻而充军、革职为民，降调似为太重；南京署员外郎李棠，被守备御门参奏而下狱，因事难追究，乞解回南京法司审问；监察御史马明衡、朱淛，因皇太后圣旨免去朝觐庆贺罗列事实，评论是非，事虽欠审，他们心中并无杂念；御史季本等人列疏论救而一并下狱，乞降诸臣早赐宽释，以慰群情。由此可见，郑岳执法刑罚之谨慎公平，力求避免因情行法、亦重亦轻的偏差。

当时，内臣干预执法的现象十分严重，朝廷往往宽待轻处。郑岳针对内监干预法、执法不公问题，上疏申明职务上掌管例举典型案件，指出：“执法的人，应该做到公平公正，让天下人所称赞。遇到权势贵族，如果袒护，就会失信于天下人。”古人有言，“法行自近始”，法的执行首先要律己，管好自己不犯法才能要求别人不犯法，即使是法的执行者的亲信，就算皇帝的亲戚和宠臣犯法一样要执法如山。又说：“宫中府中，俱为一体。”皇宫中、朝廷中的官员都是一个整体，奖惩功过、好坏，不应因人而异，“陛下应该借鉴前朝定下的规矩，遵守本朝祖宗制定的法律、法规。自今内宫、内侍等又犯法，应该听监察部院审问罪犯、拟定罪行，发大理寺审录，就可以昭示圣朝法律的明鉴与公平。”郑岳严正地申明法纪，坚守公平执法的原则。

不久，郑岳升兵部右侍郎，转左侍郎，主持部事。这时山西大同驻军兵变，平息后主兵者夺功奏捷，并为太监的弟、侄冒名报功，御史主管没有深入核实，郑岳驳回改正。内侍崔文擅权用事，欲将其侄、指挥崔昂越级升为副将，郑岳坚持不用。权幸由此忌恨郑岳。

郑岳曾经因议论“大礼”忤旨，违背皇帝的心愿，被罚俸银两个月。许多小人趁机诬告诽谤，致使明世宗对郑岳的爱与倚重渐渐衰退。值逢宁夏总兵种勋行贿京师求调，为东厂所追捕，收回金币，种勋曾经因为犯事被郑岳参奏弹劾，所贿重臣的礼帖，独无郑岳其名，但御史聂豹却以道听途说论劾郑岳。郑岳上疏为自己辩白，并请求辞官，世宗答应了，郑岳赋诗抒怀，述说自己虽然多次被罢黜，仍清廉自守，不改其志。

郑岳辞官回家，于莆田南湖畔旁创建郑氏祠堂，纪念始祖郑露倡学之功。对于开渠造桥等有益于乡里的公用设施，不惜所费，热心倡建。郑岳与林俊、何维骐等故友，成立逸老会，成员皆为乡国德望之辈。逸老会并非单为宴游之乐，而要为促进风教之助。他有感于莆阳历代文献丰盛，遗文散落，从来没有人搜集汇编成一部记录莆阳优秀人物等地方典籍。遂编纂《莆阳文献》一书，堪称“一郡大观，千年胜事”，成为莆阳地方文史的扛鼎之作。

郑岳归莆近五十年，期间六次被推荐启用，竟然受阻而未能重用，因病去世，年72岁，一生勤于著述，有《山斋文集》传世。