由于武宗喜好游乐，他身边的佞幸之人常引诱他四处巡游，其中钱宁和江彬是两个典型的人物。武宗本就喜好武事，江彬谈兵于帝前，深得武宗宠爱，引诱正德帝微行、后又怂恿巡幸宣府、南巡，所到之处任意索取，使得沿途官员疲于接待，给社会造成了极大的扰害。许多大臣们都谏阻，但是引发龙颜大怒，许多官员被狠狠廷杖，梁储在此事中亦多次犯颜直谏，请回銮，皇帝置若罔闻，但并未加罪于他，因为朝中政局还得倚重梁储、杨廷和、蒋冕等大臣。

正德帝听从宠幸的游说幸南海子观猎，梁储与廷臣谏言，正德帝接纳，微服从数十骑幸昌平。第二天，梁储、蒋冕才发觉，追到沙河还是赶不上，只好上疏请回銮。正德帝幸宣府，然后在应州遇到贼寇，险些丧命，梁储等甚为忧惧，急催请回銮，但是上了十余章奏疏，正德帝仍然不为所动，岁除竟然还驻宣府。一个皇帝成日游玩，不理政事，面对这样的状况，梁储担心自己不能胜任首辅的职责，屡请杨廷和还朝，杨廷和还朝以后，梁储于是礼让而位居廷和之下，不计较官位之高低。

正德帝听从江彬谗言，想遍游塞上，于是借口边关危紧，命令总督军务威武大将军总兵官朱寿统率六师前往，但是阁臣们都不赞同。梁储、毛纪泣谏，百官也哭谏，可正德帝就是要一意孤行。不久毛纪也称病不上朝。“储独廷争累日，帝竟不听。”后来，正德帝又“以‘大将军寿’肃清边境，令加封‘镇国公’。”梁储、毛纪上疏道：“公虽贵，人臣耳，陛下承祖宗业，为天下君，奈何谬自贬损。既封国公，则将授以诰券，追封三代。祖宗在天之灵亦肯如陛下贬损否？况铁券必有免死之文，陛下寿福无疆，何甘自菲薄，蒙此不祥之辞。名既不正，言自不顺。臣等断不敢阿意苟从，取他日戮身亡家之祸也。”说得入情入理，可是正德帝置若罔闻，巡幸宣府、大同，直到延绥，梁储等上疏十余章，正德帝都置之不理。

朱宸濠见武宗整日游嬉，朝政荒废，认为有机可趁，与都御史李士实、举人刘养正等加紧密谋，不轨事迹败露，遂决定叛乱，称奉太后密旨，令起兵入朝，集兵号称10万。面对宁王宸濠的造反，正德帝却想借此事显示天子威仪，顺便再到江南取乐，便下旨御驾亲征，命阁臣草敕，大学士杨廷和、蒋冕皆引疾，正德帝便叫梁储草敕，梁储深知其真实意图，不肯奉命，还力劝皇帝取消亲征。正德帝虽然大为恼火，却也知道梁储的忠诚之意，只好掷剑悻悻而去，如此逆龙鳞，确实是大大的不敬，可是面对武宗如此荒唐的行为，也只好冒死进言，敢于剑下冒死进言，确实需要大无畏的勇气，由此可见梁储刚正的性格。梁储虽然曾经是武宗的老师，可武宗的荒唐是众所周知，不会顾念往日的师长之情。

宗室秦王贿赂武宗的近侍江彬、钱宁、张忠等，请赐关中闲地作牧场，武宗不顾群臣反对，轻率允诺，并命令阁臣起草赐地文书。杨廷和与另一宰辅蒋冕称病不上朝，武宗非常生气，一再催促，梁储知道逃避拖延并非良策，便改变进谏方式，亲自起草敕文，巧妙地把太祖的有关禁令和秦王索地的心计和盘托出：“大学士杨公当草制，念曰，若草制恐贻后悔，不草又恐忤旨，遂引疾。……大学士蒋公亦引疾。公曰如皆引疾，孰与事君。上震怒，内臣督促草制。公承命草曰，制曰：‘昔太祖皇帝著今日此土不畀藩封，非吝也。念此土广且饶，藩封得之多畜士马，富饶而骄奸人，诱为不轨不利。宗社今王请祈恳笃，朕念亲亲其升地于王，王得地宜谨，毋收聚奸人，毋多畜士马，毋听狂人劝为不轨，震及边方，危我社稷。是时虽念全亲亲不可得也。王慎之，毋忽。’”武宗看罢，吃惊地说：“原来后果会这么严重！”终于收回成命。若大臣们都引疾回避此事，武宗也不会甘自罢休的，梁储深知武宗轻率的性格，再利用曾为帝师的身份，巧妙劝谏，让武宗意识到问题的严重性，如此才不至于酿成大祸。

武宗荒淫无嗣，孝宗亦无他皇子在者，皇太后命大臣议所当立者，杨廷和举《皇明祖训》，主张立兴献王长子，得到了阁臣梁储、蒋冕的赞同。但迎兴世子应由内阁一人，与中贵勋戚偕礼官前往，杨廷和作为首辅须留在朝中主持大局，杨廷和内心想留下蒋冕，帮忙处理朝中政务而让梁储去迎接新君，却担心梁储因年老不愿意前去，于是假装担心梁储年迈的身体状况，阻止其前往，而梁储说：“事孰有大于此者，敢以惫辞！”遂与定国公徐光祚等迎世子安陆邸，此君便是嘉靖皇帝。

梁储辞官还乡，逝世时享年七十七岁，嘉靖帝念梁储是前朝重臣，特赠太师，谥文康。原配冯氏诰封恭人，累赠一品夫人，生子五人，子孙建祠于广城长塘街，题曰：文康公祠。为人醇谨谦厚，有功不垮，闻谤不辨，为官清廉。