世宗还是世子的时候，兴献王就曾经对其称，楚地有三杰，分别是刘大夏、李东阳及杨一清，世宗于是记住了他们。他即位后，廷臣纷纷交相举荐杨一清，于是世宗派遣官员赐金币存问，遭到杨一清谢绝后，世宗特予杨一清一子官至中书舍人。世宗诏杨一清以少傅、太子太傅，改任兵部尚书、左都御史，总制陕西三边军务，至此，以尚书身份担任边疆大臣的惯例，从杨一清开始。

世宗在诏书中褒奖赞美，以其与郭子仪相称，杨一清至此第三次为总制，其部下均踊跃兴奋，之后平定亦不剌进犯，并接受土鲁番的求贡。后入朝担任吏部尚书、武英殿大学士，入见后加少师，任兼太子太傅。不久《献皇帝实录》书成后，加太子太师、谨身殿大学士，杨一清以未曾参与纂修而请辞，没有得到世宗批准。王宪奏报战功时，推功于杨一清，于是加为左柱国、华盖殿大学士。此时，费宏已经离去，于是杨一清担任内阁首辅，世宗赐银章二个，分别是“耆德忠正”、“绳愆纠违”，命其可以密封言事。此后，杨一清与张璁论张永此前的功劳，而起用为提督团营，给事中陆粲请增筑边墙，也得到杨一清批准，《明伦大典》书成后，加正一品俸。

议大礼的时候，杨一清还在家中居住，看到张璁的上疏后，对门人乔宇称：“张生的这番议论，使圣人之义复起，这是不能改变的。”又在席间手书劝其早去赴召，以定大议。张璁等人显赫后，颇为引荐杨一清，世宗以其为老臣，恩礼加渥。张璁与桂萼既已攻击赶走费宏，想到杨一清必然会援助自己，而杨一清却坚持召谢迁，于是张璁等人心有怨恨。谢迁还未抵达，张璁已经进入内阁，于是原来商议事情多有变故，当时锦衣聂能迁攻击张璁，张璁欲置之死地，被杨一清阻止。张璁于是大怒，上疏诋毁杨一清，杨一清于是上疏乞归，世宗从中调解。

此后，杨一清又因灾变，请求戒饬百官和衷，再次请求宽恕大礼议诸臣罪，此时桂萼进入内阁，矛盾变得更加激化。给事中王准、陆粲检举揭发张璁、桂萼招权纳贿的事情，世宗立即罢免两人并公布其罪，其党羽霍韬称：两人离去势必牵连到我。于是，上疏攻击杨一清，称其接受张永、萧敬贿赂，杨一清再次上疏辩解并请求罢免，世宗虽然挽留，但张璁的再次召还，霍韬再次攻击，并称法司都是秉承杨一清的意思，而诬陷桂萼。世宗至此大怒，令法司会同廷臣商议，此后贬刑部尚书周伦任南京刑部尚书，以侍郎许赞代任，许赞于是借霍韬的话，请求对杨一清削籍。此后，张璁三次上密疏，称杨一清假意乞求辞退，而实质是想以此来坚定世宗的想法，果然，世宗允许杨一清致仕，仍赐金币。

第二年，张璁等人诬陷朱继宗等入狱，并称杨一清接受张永弟张容的钱财，为张永写墓志铭等要求其连坐，杨一清大恨道：“我老了，却被这些孺子给欺凌玩弄！”之后，背部疽发而死，留遗疏，死而不瞑，世宗于是下令对以前的事不再追究，数年后恢复杨一清官职，后赠太保，谥文襄。