福建矿税使高缴获了吕宋制造的器械和土特产，进送到京师，神宗让陈矩写票，“著内库查收”，陈矩奏称：“这是岛夷小丑的一点点东西，现在让内库收储，恐怕会使人误会，以为圣朝希罕这点怪异的东西。还是写著赃罚库查收为妥。”从这件事，也可见他处事时是考虑到大局，慎重稳妥。

陈矩主持大审，有个御史叫曹学程的，因为谏阻封日本酋关白的事得罪问斩，已经坐了将近十年牢，虽有不少大臣请求赦免，但皇帝都不准。司法部门请求陈矩放了他，陈矩抱歉地说他不敢，然而他秘密地向皇帝求了情，解释曹学程的冤枉，曹学程才终于被免了死刑，改判充军湖广宁远卫。

宫内有个传统习惯，就是在元宵灯节时，司礼监掌印太监等，各自摆设自己购得的器物、书画手卷册页之类，给皇上鉴赏。陈矩正好买到宋人所画的《鬼子母揭钵图》手卷，这幅画暗淡素朽之中，显得神采焕发，世尊的慈祥容貌几乎可以触摸得到，鬼子母悲哀烦恼的形象很可怜，钵内的小孩用手按着地，两眼看着外面，想出来又不敢出的样子非常生动，一群妖魔鬼怪凶狠狰狞的面目栩栩如生。绘画的手法，繁多而不紊乱，一定是宋人的真迹，陈矩对人说：“这卷画很好，但不能给皇帝看，以免皇帝情疑我谏阻他责打宫人。”于是，将一部《大学衍义补》连同这手卷一起，派人送给太子朱常洛的伴读王安，让他转交给太子，并说：“陈矩顶上千岁爷，请您明智地看这本书，有空时再看看这手卷。”人们知道这事后，都认为陈矩在进奉中，已经包含了献可替否之意，他掌管东厂这段时间，是东厂抓捕人最少，京师秩序最平稳的一段。

陈矩在内直房端坐去世，生前他已在香山慈感庵旁预先卜得葬地一块，建了一个石塔在冢上，称“太极镇山塔”，在墓道前竖了一个石坊，上写“敕葬中使神道”。有石门，门楣上写“还一仙洞”，死后，用立棺，像僧人一样安葬，神宗赐谕祭九坛，祠额题为“清忠”，并颁布了保护祠和墓的敕令，上面开载着房屋、地亩的数目。文武百官都亲临吊唁，穿着素白色衣服送葬的人多至堵塞道路。

大学士朱赓、李廷机、叶向高亲自在棺前祭奠，祭文中有“三辰无光，长夜不旦”等句，充分表达了他们对陈矩的敬慕之情。陈矩的遗像，供在德胜门里钦赐会馆祠堂内，供人瞻仰。由于陈矩的关系，神宗把他的掌家常云升为乾清宫管事，后来还掌管针工局印，升管文书官马鉴、师明、苗全为暖殿近侍。

光宗即位后，再升常云为司礼监随堂太监，升马鉴为乾清宫管事。陈矩淡泊于名利，从不请求恩泽，他的弟弟陈万策考中进士，陈万策第四子荫大金吾，陈矩父母的封诰，是从这里获得的。陈矩的著作有《皇华纪实》、《香山记》、《游闽中记述》。

太监陈矩，集纠政、监察大权于一身，位高权重得在宦官云集的明朝也少有，但陈矩只守着“祖宗法度，圣贤道理”八个字，廉洁安静，不扰官不害民，从不滥用权力，仅是力图救正时弊缺失，被人称之为“佛”。

陈矩身材不魁梧，比较瘦弱，声音嘶哑，但是白耳黑齿，双目炯炯有神，对人谦和，没有声色俱厉，不过，当处大事，决大疑，羽翼忠良，保全君德的时候，都很有决断，敢于担当，他衣食方面自奉甚薄，暇时喜欢弹琴、吟诵诗歌，收集古董书画。