戚继光再次进入福建，在扫平平海卫战斗中，戚家军为中军，担任正面进攻，福建总兵俞大猷为右军，广东总兵刘显为左军，从两翼配合攻击。戚家军以胡守仁部为前导分兵三路，以火器攻击倭贼前锋骑兵，乘势发动猛攻，俞、刘二部从两翼投入战斗，倭寇三面受敌，狼狈窜回老巢。三路明军乘胜追击，将敌人围困于巢中，并借风火攻，荡平倭巢，歼倭2000多人，解救被掳男女3000多人，明军收复兴化城。

倭寇由平潭纠集2万余人，分乘68艘倭船，在莆仙交界的东沙、朱寨之间的海域登岸，掠夺民财，一路劫掠烧杀，直逼仙游县城，并在县城附近建立东、南、西三个巢穴，从三面围住仙游城。总兵戚继光与福建巡抚潭纶率神兵二千多名，急速抵达仙游香田里附近的石马、俞潭一带，扼其要冲，轻骑猛进，围而歼之。时潭军驻扎俞潭，戚军驻在沙园，戚继光命哨官杨宇、叶应春带领200名精兵入城协守，守备胡守仁、把总蒋伯清分别驻守铁山、鸡子城等地，据险与倭寇抗衡，抽调劲旅精壮500名，连夜援救仙游县城。

浙江杭嘉湖参将胡守仁调任蓟州东路副总兵，率领三千义乌兵到达蓟州，在雨中精神抖擞，巍然不动。胡守仁升任福建总兵官，回福建追剿倭寇，成功地追击歼灭林凤、李忠海盗，加授福建总兵官，后被福建巡抚庞尚鹏弹劾罢官。首辅张居正与戚继光关系密切，反而以重言谴责庞尚鹏，并罢免了庞尚鹏。

首辅张居正去世，胡守仁受“清算张居正”的牵连而遭弹劾，被罢官返乡，死后葬于观海卫城北卫山下。

从嘉靖年间开始，胡守仁一直追随戚继光南征北战，在浙江、福建等地抗击倭寇，在北方抵御蒙古的战争中立下汗马功劳，因骁勇善战，颇受戚继光信赖。戚继光评价胡守仁曰：谋则必成，战则必克，荡倭而威振东南，逐虏而胆寒西北，天生英勇，卫我邦国，当与廉李韩岳同书竹帛。