明朝、日本和谈失败，朝廷起用麻贵为备倭总兵官，奔赴朝鲜，加封为提督，统领南北各军。麻贵快马赶到王京，倭寇已经进入庆州，占据闲山岛，包围南原。守将杨元逃跑，全州守将陈愚衷也逃跑了，倭寇乘机直逼王京，麻贵另外派遣副将解生守稷山，朝鲜也命令都体察使李元翼出忠清道拦击敌前锋，解生颇有斩获的功劳，参将彭友德也在青山击破敌人。日军将领小西行长退守井邑，加藤清正还兵庆州。

经略邢玠、经理杨镐后到，分兵三协：左边为李如梅，右边为李芳春、解生，中间为高策。麻贵与杨镐率左右二协兵力专门攻打加藤清正。高策驻守宜宁，向东援助两协，向西扼制小西行长。各军到庆州，倭寇全都退守蔚山，李如梅引诱日军深入并将他们击败。加藤清正退保岛山，筑三砦自守。游击茅国器率敢死队拔取敌砦，斩首六百五十级，各军于是进围岛山城。岛山城刚用石筑成，很坚固，将士仰攻死亡很大，包围了十天，倭寇突然袭击并击败解生部。

小西行长前来增援，明朝九将之兵都被击溃，敌人在江上树立旗帜，杨镐非常害怕，仓惶撤军，却向朝廷报捷。不久，失败的情形传来，皇帝罢免杨镐，责令麻贵立功赎罪，麻贵与刘綎、陈璘、董一元分兵四路。麻贵居东，抵挡加藤清正，多次战斗，都有战功。时丰臣秀吉去世，明军更加努力进攻，加藤清正逃跑，麻贵于是进入岛山、西浦各路，麻贵率师凯旋，提升右都督，给予世代荫封。

朝廷麻贵镇守辽东，时边境泰宁炒花猖獗，九子皆有部队，其他部落又都帮助他，边疆将领于是增加岁赏银安抚他们，结果泰宁炒花更加肆无忌惮。泰宁炒花部到边防要赏银被明军突袭，拔营逃至额力素定居，泰宁炒花又迁渡老河，其第三子色特讥笑他，脱离大部队南移可可毋林，伺机进犯内地，结果中了麻贵的埋伏，被麻贵追击到白云山，损伤惨重。色特欲图复仇，想联合宰赛、以儿邓，但未成功，勾结卜言顾伯要儿和哈剌汉乃蛮，联兵进犯清河，被明军大败，此战震慑边境，以儿邓等人代表炒花求和，边境由此得以安宁。

插汉虎墩兔率三万骑兵进入穆家堡抢掠，被麻贵击溃，麻贵称病乞求辞职，万历帝下诏让他乘驿车回家，去世，朝廷赐予祭葬。