乾清宫、坤宁宫被大火烧毁，明神宗先是移居毓德宫，后移居启祥宫，王皇后随之亦居住于启祥宫，但“中宫不复得时奉晏闲，惟翊坤宫郑皇贵妃及其他宠嫔侍左右”。皇后与皇帝同住于一宫，但是依然不得相见的情形，使得京中流言遍起，盛传中宫久病，侍卫不过数人，膳食服御，俱为明神宗裁减大半，王皇后渐渐抑郁成疾，大臣们怀疑，明神宗此举是想等待皇后病逝，好立郑皇贵妃为后，继而立皇三子朱常洵为太子。

皇长子讲官黄辉从内侍处探得宫中情况，言皇后多疾，左右之人多认为待得王皇后崩逝，郑皇贵妃将正位中宫，遂将此事告知工科都给事中王德完。王德完上疏明神宗，应当眷礼中宫，疏入，帝震怒，并将其下诏狱拷讯。明神宗传谕内阁，称皇后乃圣母所选之原配，一直优容以待，只是近几年来为人逐渐变得悍戾不慈，不得以时常教训于她，以全妇道。

大儒吕坤在山西按察使任内，将历史上的所谓“列女”事迹编为一书，提名《闺范》。由于吕坤是一个孜孜于求学问、以明道为己任的学者，因此《闺范》出版后流传很广，各地都有翻印本。

有托名燕山朱东吉的人为此书写了一篇跋文——《闺范图说跋》，标其名曰“忧危竑议”，借以耸人听闻。这篇跋文以隐晦的笔法影射吕坤写此书，虽无易储之谋，不幸有其迹象，一本议论妇女道德伦理的书被政治化、现实化，引起了一场轩然大波。言官戴士衡弹劾吕坤“因承恩进书，结纳宫掖，包藏祸心”，“谓潜进《闺范图说》，结纳宫闱，因请举册立、冠婚诸礼”。言语之中，明显涉及郑皇贵妃，引得明神宗不悦。

明神宗下旨替郑皇贵妃辩解：“《闺范图说》是朕付与皇贵妃所看，朕因见其书中大略与《女鉴》一书词旨仿佛，以备朝夕览阅，戴士衡等这厮，每以私恨之仇结党造书，妄指宫禁，于挠大典，惑世诬人，好生可恶，此事朕已洞知，不必深辨。钦此。”

与此同时，全椒知县樊玉衡上疏，针对皇长子不册、不冠、不婚而遗天下大虑，告诫皇上，他援引历代嫡庶废立之事作为鉴戒，以古喻今，上疏称：“陛下爱贵妃，当图所以善处之。皇上虽无废长立幼之意，而牵于皇贵妃体貌难处之故，优游隐忍，甘以宗社为戏，不知天下者非我皇上与皇贵妃之天下。”讥刺皇上不慈、皇贵妃不智。疏入，明神宗震怒，一日拟旨三四次，大学士赵志皋据理力救，劝明神宗自其继位以来尚没有诛杀过谏臣，帝乃焚其疏，忍而不发。

皇长子朱常洛移居迎禧宫，被立为皇太子，然而并未消除群臣的疑心，由于明神宗过于偏爱郑贵妃及其所出的皇三子朱常洵，在国本已立之后，外廷对郑贵妃及其子朱常洵的疑心依然不减。王曰乾诬告郑贵妃为立己子，施行厌胜之术，诅咒李太后，明神宗和太子朱常洛。梃击案，郑贵妃都被或多或少的牵涉其中，对于郑贵妃在这一系列政治事件中所充当的角色，清朝的史官在编写《明史》的时候认为，郑皇贵妃“亦非有阴鸷之谋、干政夺嫡之事，徒以恃宠溺爱，遂滋谤讪“，不过是因为明神宗对其过于溺爱，无端招致诽谤上身。

明神宗的身体始终不好，且病痛不断，王皇后病逝，在明神宗拖延皇后葬礼，逾三月都未为其上尊谥、写神牌神主的情况下，明神宗病危时依然对太子留下遗言：“尔母皇贵妃郑氏，侍朕有年，勤劳茂著，进封皇后。”神宗不仅在遗言中称郑皇贵妃为太子朱常洛的母亲，并一反礼制，在皇后去世不到四个月的时候，再次册立皇后，为了给郑皇贵妃在自己驾崩后名分和物质待遇上最大的保障。

明光宗继位后仍命礼部继续立后事宜，但受到内阁的强烈反对，礼部左侍郎孙如游上疏反对遵封郑皇贵妃为后，言其详细考察累朝典故，并无此先例，且以原配为后，乃皇后敌体至尊，以妃为后者，皆是因为其子为帝的缘故，历朝以来皆无以私爱而立后之礼的记载。并向明光宗言明，遵从先帝遗命非孝，尊礼实为大孝，疏入，未报。

郑皇贵妃之侄，左军都督府带俸都督佥事郑养性上疏明光宗，请求收回皇贵妃封后成命，久之乃允。不久，明光宗驾崩，朝臣兵科右给事中杨涟、御史左光斗、吏部尚书周嘉谟等人，并威逼利诱郑贵妃的侄儿郑养性，使郑养性力劝姑姑郑贵妃迁出乾清宫，移居慈宁宫，才久之始息。

明熹宗年间，魏忠贤专权，郑皇贵妃居仁寿宫养老，郑皇贵妃薨逝，年六十六岁，谥曰恭恪惠荣和靖皇贵妃，葬银泉山。郑皇贵妃的孙子南明弘光帝朱由菘，在南京登基称帝，并追尊祖母为孝宁温穆庄惠慈懿宪天裕圣太皇太后。