龙华民神父委派金尼阁赴欧洲，除了为耶稣会的图书馆募捐书籍外，金尼阁的一个主要任务是争取在一系列的问题上，在罗马方面求得最终的回答，其中包括中国教区的独立问题以及配备相应的人员与资金。

南京教难爆发时，龙神父正在各省教区巡视，听到消息后立即赶回北京设法缓解。徐光启、李之藻、杨廷筠、孙元化等著名人士，出于正义与奉教热忱，都站出来奋力保教，但未能阻止教难继续发展。最终，导致神父们从南京、北京及整个中国，在朝廷命令下被驱逐出境，仅少数几人避居各地朋友家中而获免。

万历帝驾崩，天启即位，天启帝接受朝中诸奉教官员的奏请，召回被驱逐的传教士，旨在利用西洋人以新法练兵抵御满洲人的入侵。于是龙华民与阳玛诺两神父，一同进入北京，去兵部报到。等到稍微稳定下来，因为声称对练兵一事不感兴趣，所以重归教区从事传教工作，并照常接待朝中官员及学者们的访问。从那以后，龙神父不再远离北京，一面在城中培育日渐增多的新教友，一面在4至10日路程范围内的地区开辟新教区。此时龙华民神父的年事虽高，但是他在传教的热心和虔诚上，丝毫未见衰退。

龙华民在山东建立了传教基地，此后每年去山东一次，由于后来需要在北京协助汤若望的工作，山东的传教工作基本上由李方西承担。后者离开山东后，此地的事务便交给了方济会的传教士利安当，他曾去山东济南府听受徐光启孙儿们的告解神工。在他接见的官员中，有异教徒数人改宗而入圣教，人们注意到他得到天主的特恩，既善于与学者们交往，又善于使他们归依而奉教。山东地方生活很辛苦，神父的粮食只是粟米与草根，而且都是未经煮熟的，也没有盐、油、调味品。尽管年事已高，而且这类食物全无营养，他仍然严守斋期，没有半句怨言。虽然他严于律己，但对别人总是和蔼可亲，深受教友们的欢迎。

龙华民从北京去青州途中，遇盗贼抢劫，身边的财产全部丧失，但这一不幸却给他带来了另外一个机遇。青州府中有一宗室王族，久闻龙华民神父之名，于是便邀请龙华民神父到他家住宿，神父碍于礼貌，就答应了他。这位宗王深通文学，曾与神父论及圣教教义，深表钦佩，但他以前曾受过***教教义的影响，在未彻底消除疑问之前，内心还是对天主教存有疑惑。他邀请龙华民神父与***教中精通可兰经的博学者数人，在他的官府中进行了一次辩学论道，最终***教的学者们理屈词穷。在这之后这位宗王，受洗入教，洗名保禄，全家均随之受洗归依。这件事的影响十分广泛，山东青州、济南及其他城中的官员多人亦也入教。山东省内有一著名学者，闻其事，曾至宗王府中寻访龙神父，闻道后，亦豁然开朗而接受真理，洗名纳泽尔。

龙华民于95岁时，不慎跌伤，自知不起，请人代诵《耶稣受难始末》，并且含泪高声说：“得闻耶稣死难事而离世，实我之大幸也！”辞世，整个教区沉浸在悲痛之中。顺治帝在龙华民生前曾命人绘制神父的画像，在神父去世后，赐葬银三百两，并派遣官员祭奠。