在此之前，巡抚地方的人有提拔举荐人才的先例，赵南星已上疏制止了，而陕西巡抚高弘图、山西巡抚徐扬先，宣府、大同巡抚李思启，河东巡抚刘大受，还按旧例继续实行，赵南星一并上疏弹劾他们。

赵南星替代张问达为吏部尚书，期间东林党势力昌盛，在赵南星的安排下，高攀龙、杨涟、左光斗执掌法令；李腾芳、陈于廷辅助选举；魏大中、袁化中主管科道；郑三俊、李邦华、孙居相、饶伸、王之寀等人全部放在部里执政。而这四司的下属官员邹维琏、夏嘉遇、张光前、程国祥、刘廷谏也都受到民众的称颂。

此时，人们千方百计奔走于升迁之道，贿赂公行，而言官尤为横行，每逢文选郎外出，就在半道上将他拦住，替别人求官，得不到满足诽谤他，或者把他赶走。选官者对此无可奈何。赵南星一向憎恨这种现象，锐意改革，人们畏惧他的刚严，不敢对他有什么请求。有一位给事赀郎请求盐运司的官职，赵南星就将赀郎注籍在王府里，而将给事派往外地。知县石三畏一向贪财，巴结权贵将要调任京职，赵南星也把他安置在王府里。当时进士没有在王府做官的，赵南星却不顾惜。

给事中傅櫆以邹维琏改任吏部，而自己不知道为由，首先凭借汪文言发难，弹劾赵南星改变旧制，培植私党。邹维琏引咎辞职，赵南星上疏挽留他，小人更加不满，正好杨琏上疏弹劾魏忠贤，宫中太监与政府官员更加对立，势同水火，赵南星于是闭门乞求退休，熹宗不许。高攀龙弹劾崔呈秀，赵南星疏论让他充边，崔呈秀处境窘迫，连夜跑到魏忠贤的住处，叩头哀求，说：“赵南星、高攀龙、杨涟等人不走，我们二人将不知死在哪里啊。”魏忠贤深以为然，于是和他一起制定阴谋。

时山西巡抚空缺，河南布政使郭尚友垂涎此职，赵南星因太常寺卿谢应祥有名望，将他列为首选，获圣旨批准。然而御史陈九畴受魏广微的指使，说谢应祥曾出知嘉善，魏大中是他的门生，魏大中以师徒关系的缘故，同文选郎夏嘉遇商量启用他，徇私舞弊理当斥责。

魏大中、夏嘉遇上疏争辩，语言涉及陈九畴，陈九畴再次上疏极力诋毁，二疏一起交给部里讨论。赵南星、高攀龙确切指出谢应祥是因为在群众有声望而被推荐的，魏大中、夏嘉遇没有私情，陈九畴的胡说不能相信。魏忠贤大怒，假传圣旨废黜魏大中、夏嘉遇，连同陈九畴一同被废黜，而斥责赵南星等人相互勾结、结党营私。赵南星立即引咎辞职，魏忠贤再次假传圣旨痛切责备他，放赵南星回家。

高攀龙也引咎辞职，给事中沈惟炳上疏挽救，也被流放在外。不久，陈于廷、杨涟、左光斗、袁化中因为会同赵南星等推举官员，违背了魏忠贤的意思，同时被排斥。魏忠贤又把赵南星所摈弃的徐兆魁、乔应甲、王绍徽等人安排在政府要害部门。自此，阉党势力全面占据上风，东林党人都受到了不同程度的迫害。

此时，御史张讷弹劾赵南星十大罪状，并且弹劾邹维涟、程国祥、夏嘉遇以及王允成，得熹宗旨，将他们全部削籍为平民。叫人再次上奏赵南星的同伙，张讷又列上李邦华、孙鼎相等十四人的名字，将他们统统贬职罢黜。石三畏也被起用任命为御史，上疏攻击赵南星以及李三才、顾宪成、孙丕扬、王图等十五人，东林党人已经死亡的都剥夺官职，有官职的祸害更加惨烈。

不久，因为汪文言的供词涉及到赵南星，赵南星被交给抚按审讯，而此时郭尚友巡抚保定，巡抚马逢皋也对赵南星怀恨在心，于是相邀在朝廷上侮辱他，用竹板打他的儿子赵清衡和外孙王钟庞，将他们下狱，让赵南星赔偿赃款一万五千两银子。赵南星家一向贫穷，靠亲友捐助才将官司了结，最后将赵南星发配代州，赵清衡流放庄浪，王钟庞谪戍永昌。赵清衡的嫡母冯氏，生母李氏，都由于哀痛过度而死，七岁的儿子也由于受惊吓死去了，赵南星到达发配地，安然自处。

明思宗登基，下诏赦免赵南星，让他返京，山西巡抚牟志夔是魏忠贤的死党，故意推迟派送，赵南星最终死于戍所代州，享年七十八岁。