船队离开港口的当天，哈维尔神父把若奥送到码头，并亲手交给他两封信，请他分别转交给若昂三世陛下和耶稣会罗耀拉会长，若奥向哈维尔神父保证，他一定会平安地把信带回欧洲。

若奥的船队离开港口后向南航行了两天。这段时间，天空的云量越积越多，若奥不由得有一些隐隐担心，费南多提醒他，如果云层再这样累积下去，将会演变成一场巨大的暴风雨。

若奥的担心还是变成了现实，夜晚和暴风雨同时降临，猛烈的风卷着雨水落了下来。为了避免船发生危险，若奥命令降帆，但风依旧把船身吹得摇摇晃晃，若奥站在甲板上指挥着水手们稳住船身。

第二天清晨，雨越来越大，船摇晃得更加厉害。雨水落在海面上，风带起的巨浪把海水卷上甲板，把船身拍打的啪啪作响。大海犹如一头发怒的猛兽，试图要吞没一切，飓风卷起海水抛向天空。

第三天来临，风终于小了起来，雨依旧淅淅沥沥地落在海面上，若奥命令升起半帆，重新寻找方向，抢修受损的船身和桅杆。

船向南进入香料诸岛，若奥的船队向着西南方向的马六甲海峡驶去。在马六甲靠港后，他们停留了几天，为的是补充淡水和给养，彻底修理好破损的船只。从马六甲起航，若奥的船队回到了印度，若奥专程前往果阿拜祭了卡斯特罗副王，便启程横渡印度洋。到达蒙巴萨港后向南绕过好望角，经历了漫长但还算顺利的航行终于回到里斯本。

若奥的船队回到里斯本的时候已经是一五五零年的六月底，九个月漫长的回航过程给若奥的水手们带来了巨大的疲劳感。船队进入里斯本港口后，水手们迫不及待地登上岸边，他们甚至不想在船上多停留一分钟。若奥吩咐菲利普把航行中通过黄金和香料获得的巨额利润按照比例分给他的船员们，自己则马不停蹄地赶往王宫。

到达王宫，若奥请求卫兵替他通报，等待了一会，何塞走了出来，他领着若奥前往国王的会见厅。