等清除了梁山义军中地隐患后。卢俊义就跟许贯忠、燕青、朱武、林冲、王进等义军高层商议了梁山义军地内部编制问题。

先吸取宋朝军事制度地失败教训。改良以往死板坚硬弊大于利地监军制度。将监军地名称统一改成政治委员。鉴于卢俊义手下目前智谋之士甚缺。暂定各级地政委除了登记功劳上报、负责宣传、解决将士地思想心理问题之外。还要负责联络军情部搜集情报、分析情报、参赞军机、给各级将领出谋划策之责。但必须不得掣肘。如有争议。报总部解决。

从最基层地编制就开始设置政治委员。就要开始讲政治鼓动和宣传。宣扬地内容有下列核心：忠诚卢俊义、热爱宋土、报效民族、驱除蛮夷、崇尚荣誉。

目前梁山义军划分地职能部门。按照战争时期地安排。共分作统帅部、政治部、后勤部、装备部、军情部、建设部等六部。

统帅部和政治部由玉麒麟卢俊义亲自掌管，直接领导各级将领和各级政委，其中统帅部由浪子燕青做副手，政治部由许贯忠做副手，当卢俊义不在时，他两人可代为号施令。

统帅部拥有对军事以及其他所有事务的最高决策权，内部设有军机处（也就是参谋处，顺便嘲笑一下满清地军机处），由天机先生许贯忠、神机先生朱武、入云龙公孙胜负责参赞军机，有负责制定战略、战役计划、战术指导地义务；同时设有军功处，由神机军师朱武掌管，负责功过赏罚，将将士们的职位、军衔和军功地挂钩；还设有书记处，有圣手书生萧让、玉臂匠金大坚负责卢俊义和参谋处的命令、语录等文件地记录和下；

铁面孔目裴宣还没有到来，梁山的刑部暂时还开不起来，这一部分的职权暂时隶属于政治部下面的军纪处。军纪很简单，约法十章：不杀良、不、不畏敌、不私吞、不抗命，以上五条违者斩；不扰民、不造谣、不懒惰、不私斗、不包庇，违者五十军棍。不杀良的意思是不要杀害无辜百姓，但为了隐藏军队的行踪而被迫杀害一个路人，不算杀良，但明明白白人家对你毫无危险，你还杀，那就恶劣了。这一点放在第一位，是因为卢俊义看了水浒传，真的觉得梁山好汉没几个好鸟，连同武松，也是杀害无辜百姓，更别说李逵这个混蛋了，一排排地杀过去，净是无辜，卢俊义决心好好地遏制这股败坏名声的杀气。卢俊义先让燕青负责这一部分，是想让他先在义军中培养好威信，以后许多事情都可以交给他这个副手处理。

原来的廉政公署分成两块，一块由三叔卢有财监督他儿子卢俊信（卢俊义没有怀疑过这个设置，因为卢有财跟他两个儿子卢俊信、卢俊礼不合是众所周知的，原因很简单，老头很封建，婚姻包办，看不惯卢俊信等人的生意创新）。另外一块则由周侗老爷子带领，挂靠在统帅部内，直接向卢俊义负责，拥有对贪污情况先调查抓捕后提交卢俊义审讯的权力。当然他们的重点放在各级将领有没有克扣军饷和后勤部的军需官有没有克扣物资。

政治部下面设有政治指导处，由许贯忠执掌，负责对整个政委体系的指导管理，卢俊义还随时对这个体系进行考核和培训，用现代军队的方法；另外设有宣传处，由燕青兼任处长，下面设有对内、对民、对敌三个司，目前梁山处于闷声大财的阶段，等水混了才愿意下去摸鱼，所以对民和对敌两个局现在还不能启动，对内宣传司现有铁笛仙马麟负责。马麟经卢俊义的传授，将三国演义和西游记当做评书来说，间或吹吹笛子，再讲些历朝历代兴旺之事，娓娓道来赵宋朝廷得来江山的卑鄙无耻低级下流的伎俩，道出以往各个开国皇帝的不凡和卢俊义的诸多不凡之处，坚定各位追随卢俊义的争霸大业从而飞黄腾达之梦想。当然剧本都是卢俊义亲自撰写的，他知道这种花边评书对一般士兵民众的影响力远大于白纸黑字的公文。

后勤部由燕青负责，神算子蒋敬做他的副手，负责军队的后勤保障，包括采购、供应、运输等诸多环节，还要负责粮饷的放和对军需官的管理，还有日后梁山屯田、养殖。

军情部由拼命三郎石秀掌管，分别有鼓上蚤时迁、活闪婆王定六、旱地忽律朱贵做为他的副手，下辖情报处和行动处，分别有时迁和石秀负责；负责情报搜集、安插奸细、排查敌方奸细、护送我方亲人、暗杀敌方将领和我方叛逃者等诸多工作。

装备部由卢俊义的亲堂弟卢俊智掌管，金钱豹子汤隆、玉幡竿孟康、紫髯伯皇甫端、通臂猿侯健做为副手，负责打造兵器盔甲火药船只、蓄养马匹、开采矿产等诸多事宜，全力提供战斗物资。建设部由青眼虎李云掌管，九尾龟陶宗旺做他的副手，负责修造工事、修建军营房屋、填湖造地、挖地洞石洞，造兵器作坊，目前最重要的事情就是早日把梁山打造成一个宜居易守难攻的坚固堡垒。其他之前投奔大名府的梁山旧人里，石将军石勇被卢俊义派到东平府开设赌场，兼搜集那里的情报，隶属于军情部。白花蛇杨春被派去李俊的海军中开始进行奴隶贸易，将劫掠的高丽东瀛人贩卖到中土。