而对于应兵部的征调令而来的卫所兵将采取抽兵不抽将的原则。根据学院生本身的能力，分别命令其从卫所兵卒中抽取十人到三十人的部属。因为学院生大部分是抽取原来卫所中的试百户和副千户组成，所以试百户抽十人部属为小旗。副千户抽三十人组成为总旗。
在经过详细商议，加上朱允坟的生搬硬套。定**的基本构成就出来了：一个小旗为十一人，其中旗长一人，三个小旗为为一总旗，设旗长一人。三个总旗加上两个小旗，为一个百户，称之为“连”设连长一人，副连长二人。
这样的话，一个连的正规编制为一百二十七人，三个总旗为战斗序列，两个小旗中一个小旗负责伙食和医疗，一个小旗则是火器兵，为百户直属小旗。
三个百户组成一纵，设纵队长一人，镇抚三人，其中配备一个火器兵总旗，为纵队长直属。一纵人数正规编制为四百一十九人。
三个纵组成一千户，称之为团，设团长一人，副团长四人，配备一个火器连为直属，一个斥候总旗，团长可以有一个小旗的亲卫作为扈从。一个团的正规编制为一千四百三十三人己
三个团组成一个师，设师长一人，副师长四人，配备一个火器纵，一个斥候连，师长可以有一个总旗的亲卫作为扈从。一个师的正规编制为四千八百八十四人
以此类推，三个师为一军，三个军为一个集团军，而定**这次的目标，就是建立两个集团军和一个直属火器师，大约十余万人。
经过试验、磨合、调整，定**军制，由小旗、总旗、连、纵、团、师、军、集团军构成。团以下组织不再变动，团以上的单位则配备参谋、后勤团队。
其中团不得过两个。总旗。师不得过两个连，军不的过两个纵，集团军不得过两个团等规矩也随之而下。
当这样定下之后，让一些军旅老人给予意见，傅友德、冯胜、耿炳文，甚至是徐辉祖在内，都觉得这样分配比较繁琐，而且平添了许多军官，可能会给财政带来一定的压力，还有会让很多兵卒无所适从，不知道该听谁的好了。
朱允坟听了之后，大笔一会，写了一行字：“一切行动听指挥。”并且马上规定，在军中无论那种等级，只要直系上司在场，只听真系上司的命令，如果直系上司不在场，就听从在场官阶最高之人的命令，如果同级别的官员同时在一个场地要布命令，必须协商统一意见后才能布命令等等。
作为另外一个时空的现代人。朱允坟并没有太多的军事理念，只能靠印象加上老将们的提醒来做事情，至于老将们提出的增加财政负担、军官人数太多等等意见，他则装作没有听到，因为他增加许多军官的原因，就是想给军士以更多的展空间，用来激励军士的上进之心。
而财政负担更是不用考虑，在以后的时间内，他会慢慢的总结出一条精兵路线。而走精兵路线肯定要裁撤许多军队，要不，以大明六千万的人口，养活二百多万的军队，即便是有老朱的屯兵制，那也只能是能够让军队吃饱，想要展，想要配置尖器，三十个百姓养一个军人的比例，实在是不可能实现的。
至于怎么激励军士们上进，朱允坟也有规定，他认真的总结了老朱所规定的军队赏罚制度。
大明建国初期四方并不安定，元朝的旧贵族、云南大理的段氏小王朝、元末战乱期间出现的各派军事力量的残余仍然占据山林，各霸一方；尤其偻寇在海上的骚扰不断升级，他们烧杀抢夺，危害百姓，迫使大批居民被迫逃离家园，造成沿海地区的大片田地荒芜，迫使政府经常用兵。
为了鼓励部队勇往直前，奋勇杀敌的精神，军队的赏罚制度则以封官加爵的激励为主。规定把战功分为三等，即奇功、功、次功。凡是在两军交锋之际，能够勇敢的冲入敌人阵地、斩将夺旗的，冲到敌人的背后、给对手以大量杀伤的，本队已经获胜但友临队伍胜负未决、能够及时救援克敌制胜的，执行特殊任务、出奇制胜的都可定为奇功；
冲锋在前、戳败敌人锐气的，前队交锋被敌人抑制、后队冲锋使敌人败退的，圆满完成侦察任务、擒获敌人密探细作的耳定为功；
其他都为次功。为了抗击偻寇又规定，斩杀来犯偻寇将领一人的官升三级，不愿意授官的一次性赏给大明宝钞一百五十两；斩杀偻寇士兵一人官升一级；斩杀汉奸一人官升半级。与偻寇交锋阵亡的，本人的抚恤按升高一级给付、其儿子按官升一级袭职。凡是在海都按奇功待遇。
现阶段朱允坟也不想改动的太多，只是将奇功、功和次功这三种功劳提了出来，追加规定道：奇功，则可在战后立即由上司选出增补进阵亡军官的序列，不论出身，不论年龄。
功，则可在立功一年后，由上司选出增补进军官缺口。而次功积五次为功，九次为奇功。五年为限，第一个次功五年后清除。其他规定不变。
这些都是在建文二年年底就已经议定的，看着堆积如山的案犊，作为皇帝的朱允坟以为怎么也需要半年的时间才能够组建完毕，未曾想到，只是两个月的时间，耿炳文就上奏言道。两个集团军计九万五千余人，一个直属的火器师五千人已经集结完毕，随时听候皇上的差遣。
这才感觉到在另一个时空所谓的封建社会中，在国家机器的运作下，排除通讯的因素，效率真的是很高，这是他回到大明后第一次参与整肃军队，也是他一手饰造的军队，怎么会不令他感到万分兴奋，所以才在第一时间来到龙潭附近巡视，他想看看他所饰造的这支军队到底是什么样子的。
比：虫子不算是军事烧友，所以大大们要拍砖的话就快点，虫子也有改正的时间，否则就像是杨蝶的断臂一样，写的多了，就没有办法改了，不过杨蝶的断臂是有伏笔，而军制可以再修订，希望大大们多多提醒，连着几章会写一些虫子不熟悉的军事，想省略但是觉省略不了，因为军制和以后的政治体系也有关系，所以请大家多多包涵，多多鼓励，最后撕破嗓子的大叫一声：求月票、为了面子！，如欲知后事如何，请登6，章节更多，支持作者，支持正版阅读！