陆羽一直认为所有改革最先应该进行的是体制改革，而他也是这样做的。

现在荆州的体制大致上延续了陆羽在新野时创立的六部制，而陆羽在这一次又加入了九品中正制和三省制。

现在刘备军实际上控制了荆州九郡、汝南郡和宛城大约十一个郡的范围，但这些地方除了宛城和襄阳，大都属於汉朝时经济不发达的地方，荆南四郡更是可以用蛮荒之地来形容。就这样十一个郡的地方，一年的税赋收人比只有五个郡的徐州还要少上一半。

现在是荆州大部份权利掌握在十一个郡的太守和六部主事手中，他们分别是桂阳郡太守崔州平，零陵郡太守石广元，武陵郡太守孟公威，长沙郡太守向朗、宜城郡太守蒋琬、南郡太守蒯越、江夏郡太守费玮，魏兴郡太守简雍、南阳郡太守陈登，汝南郡太守孙乾，宛城太守徐庶，工部主事陈群、吏部主事陆羽、刑部主事向宠、兵部主事陈宫、礼部主事蒯良和户部主事马良。

陆羽在此基础上进行了微小的改变，他将徐庶提为兵部主事，而陈宫则接替他的位置出任吏部主事，宛城太守改由靡芳担任。而在六部十一郡之上设立了尚书省、中书省和门下省三个部门。

尚书省由陆羽掌握，负责起草政令、并分管选拔人才的吏部和对外交往的礼部；

中书省由诸葛亮掌管，负责实行政令。并分管财政、农业的户部和管理工商业与大型工程的工部；

门下省由庞统掌管，负责监督政令的实施，并分管调动兵马、收集情报的兵部和掌管刑律的刑部；

由於陆羽考虑到刘备军控制的地盘实际上并没有达到唐朝时那样广阔的疆域，所以三省并没有如何繁重的工作。陆羽建立的三省制实际上界於汉朝的三公制和唐朝的三省制之间，既三省的主管尚书令、中书令和御使令像汉朝三公那样分别负责领导官吏、行使政令和调动军队，又像唐朝三省那样互相监督、辅助。

荆州实行的是严格的军政分立制度，军队和县政是完全两个系统。因为陆羽发现历史上造成的军阀割据现象都是由於地方军阀同时掌握了兵权和政权，一苹军队如果没有钱粮的支持。那再勇猛也不能长久，而一个地方势力如果没有军事力量即使心有异心也难翻到夹去。chūn秋的战国的群雄争霸，西汉的吴楚七国之乱，东汉末年的三国鼎立，西晋的八王之乱。唐末的藩镇割据，明朝的靖难之役，清朝的三藩之乱，民国时期的军阀割据不是如此。

荆州的军队从下到上分为队、伍、曲、营、军五级，一队之长称为队长，副职称为兵长；一伍之长称为伍长，副职称为尉官；一曲之长称为校尉，副职称为都尉；一营之长称为将军，副职称为偏将；一军之长称为上将，副职称为参将。

经过这一次三路大军围攻荆州，陆羽见识到了中层士官的威力，在执行命令过程中他们是上下的枢钮，在危急变化中，他们可以有效的避免军队的混乱，难怪现代军队如此重视士官的培养，可以说一苹好的士官队伍就是军队的灵魂。

为了进一步提高荆州军军官的素质。陆羽在财政捉襟见轴的情况下依然开办了一所军校，就建在荆山书院的旁边，称为荆山武院。并且规定以後担任军队军官的都必需从武院中毕业，现在已经是军官的则要轮换进武院学习。

武院共有体术(考察武艺)、shè箭、骑术、兵法(培养军官的战术水平)、统御(讲授一些带兵的方法，像如何激励士兵的士气，要与士兵同甘共苦等等，实际上就是军事心理学)、天文、地理、国策(培养军官的战略眼光)、兵器使用等等科目，这些科目又按照轻步兵、重步兵、轻骑兵、重骑兵、战车兵、弓箭兵、投石兵、水军等兵种分为数个系统。这些中西结合的培训方法都是陆羽想出来的，由於陆羽在“前世“也就是个超级军事迷，脑子记满了历史上的经典战役，再加上融合了『遁甲天书』中的古代兵法，想出这些也就不奇怪了。

除了政治和军事方面的改革，陆羽还进行了金融方面的改革，陆羽发现以往百姓赋税沉重的主要原因在於从百姓手上收上来的赋税其中几乎一半是火耗，即付给征税人员的酬劳。比如说，今年荆州预计征收赋税五十万两，分摊到郡一级，郡里就要加上征收这些赋税的人力、物力耗费，这样就可能变成了七八十万两，如果这中间再加上某些官吏以权谋私，从中严扣，或是征税人员利用百姓消息不通，故意多加赋税，那麽这个数字更是大得吓人，但实际上落到州县手里的却很少。

为些陆羽和诸葛亮想出了一个办法，就是创立钱庄，陆羽他们准备和一个大商家合作创立一所钱庄，钱庄的功能大侄和现在银行的功能差不多，即为百姓提供贷款和储蓄业务，荆州zhèng fǔ以每年的赋税作为投资存入钱庄，这样就利用钱庄的流通功能避免了征税过程中的人力、物力耗费，而且地方zhèng fǔ只负责监督钱庄在征税工作，也避免了官吏从中贪污的现象，可谓一举两得。但是这样关系到荆州军的财政命脉，必须由一家值得信赖的商户来合作，而且他还必须在荆州境内有一定的财产进行抵押，陆羽和诸葛亮一时间也找不到合适的人选。